在中国历史上，如何看待孔子及其所创立的儒家学说，一直存在着尖锐对立的两派：一派尊孔，一派反孔。近代自1840年鸦片战争后，中国近代社会经历了空前的民族灾难和巨大的社会变革，制约和影响着思想文化领域里的斗争。围绕如何评价孔子及其儒学的争论，不仅有学术意义，而且反映了各个不同阶级、阶层的政治、经济利益。
近代的尊孔派主要有：清政府、北洋军阀、孔教会、国民党。反孔派则是：太平天国、晚晴一些启蒙思想家、自由主义知识分子。
太平天国与曾国藩 反孔、尊孔势不两立
太平天国反孔主要是出于信仰原因，据说，洪秀全在25岁时在重病中做梦，得知“上帝推勘妖魔作怪之由，总追究孔丘教人之书多错”，所以对孔子深恶痛绝。后来，太平天国宣布凡是孔孟诸子百家之书都是邪说，不准购买阅读，否则将会被问罪。但是天平天国的死对头曾国藩则是儒学的忠实信徒，曾国藩在与太平天国进行惨烈的军事争夺的同时，还与之进行了思想与意识形态的斗争。他大骂太平天国，刊印四书五经，接力提倡读经，并到曲阜去拜谒孔庙。
师生因孔子决裂
曾国藩之后，尊孔的代表人物就换成了康有为。他上书光绪帝，请求把儒学上升为国教，即“孔教”，尊孔子为教主，立教部、教会，并以孔子纪年。1912年10月7日，康有为授意其学生陈焕章等在上海成立“孔教会”。它以“昌明孔教，救济社会”为宗旨。11月在上海设立总会事务所，后经袁世凯政府批准，在全国各地设立分会。次年2月，发行《孔教会杂志》作为机关刊物。9月27日在山东曲阜召开第一次全国孔教大会，举行大规模祭孔活动。11月推康有为任总会会长，张勋任名誉会长，陈焕章为主任干事，总会迁至北京。但此时，清政府虽然尊孔，但是并没有同意康有为的想法将其上升为宗教。
康有为此建议一出就遭到了大批人士的反对，其中最为激烈的就是他的得意门生梁启超。1902年，他在《保教非所以尊孔论》中认为“保教”之说不能成立，“教”非人力所能保，而且孔子是哲学家、教育家、先圣先师。而非宗教家，更不是什么天、鬼、神。他认为，孔子立教的根基，与西方的教主完全不同，保教之说只会束缚国民思想，妨碍思想自由和外交。
自由知识分子围绕孔子的争论
梁启超的这种看法基本上得到了刘师培、章太炎等一批学者的赞同。刘师培在1904年5月发表的《论孔教与中国政治无涉》一文中提出，孔学不过是众多学派中的一派而已，孔门所说的“教”只是“教育”、“教化”，并不是西方中的宗教。它认为中国的现实需要不是宣扬什么孔教，而是割除“神教”，即各种封建迷信，而孔学就好好称之为儒家就好了。之后，章太炎在《订孔》、《学变》等文章中进一步提高了批孔的调门，说孔子“虚誉夺实”，清政府尊孔奉儒只是愚民之计。他认为儒家的毛病就是非常“趋时”，不惜随时改变自己的立论信仰，实行机会主义，如果用这种小人儒的道德来治国，就会造成可怕的局面。当然，他并不否认孔子传播知识的作用，只是提醒社会“不言孔学则已，若言孔学，原亟以提倡历史为职矣。”
由于章太炎本身就是国学大师，所以他的看法影响很大，也招来尊孔派的反对。许之衡当即表示，梁启超。章太炎之说导致孔子价值的大失，实际上，孔子“固久处国教之地位”，”除形式外，殆无不备教主之资格”。他甚至认为像哥白尼、达尔文等能创造新科学，但是他们不能创造新道德，而尊孔则能依靠孔教开创立新道德，他把宗教和道德看得比科学更为重要。
袁世凯尊孔复儒
进入民国，儒学受到的冲击更大，新政府对儒学采取了改良、抑制和使其萎缩的政策。1912年1月，教育部宣布“小学读经科一律废止”，蔡元培也认为“尊孔与信仰自由相违”。此时文庙祭祀也已不用再下跪磕头，只行三鞠躬礼，祭祀时的衣服也该用便服。
但是这种改革很快被北洋军阀打断，袁世凯时期就出现了一个尊孔的高峰。1912年9月，袁世凯宣布“中华立国，以孝悌忠信礼义廉耻为人道之大经”。认为中华民国应该在宪法中明文规定“以孔教为国家风教之大本”，国家应该拿钱出来养护孔教学校，教育应以孔教为伦理的基础，应设立孔教学位等等。很快尊孔活动取得了实际的效果，1913年孔教会便在国子监举行了大型的祭孔活动，并定旧历八月二十七孔子生日为圣节，全国学校放假一天。此外，袁世凯还提出《教育纲要》，针对全国的中小学生，强调读经教育，“总期于忠孝之教，节义之端，传诸民间，布在学校。”
新文化运动的反孔大潮
1915年9月，陈独秀主编的《新青年》在上海创刊，新文化运动兴起，掀起了自由主义知识分子的反孔大潮。
易白沙在《孔子评议》中首先发难，指出孔子学说：一、尊君权，漫无限制，易演成独夫专制；二、讲学不许问难，易演成思想专制……所以，孔子常被独夫民贼、野心家所利用，作“百世之傀儡”。接着，被称为“只手打倒孔家店”的英雄吴虞，在《家族制度为专制主义之根据》中，称儒家学说的毒害不减于“洪水猛兽”，“遗祸及万世”。李大钊更把中国的衰微归结为儒学的长期统治：在《孔子与宪法》中，认为“孔子者，数千年前之残骸枯骨也”，“历代帝王专制之护符也“。号召青年“冲决过去历史之网罗，破坏陈腐学说之囹圄，勿令僵尸枯骨，束缚现在活泼泼之我”。陈独秀的《驳康有为致总统总理书》，针对康有为等倡导把儒学定为“国教”的主张，旗帜鲜明地指出，孔子学说乃“别尊卑、重阶级、事天尊君、历代民贼所利用之孔教。”鲁迅更在《狂人日记》写到：“我翻开历史一查，这历史没有年代，歪歪斜斜的每页上都写着‘仁义道德’几个字，我横竖睡不着，仔细看了半夜，才从字缝里看出字来，满本都写着两个字‘吃人’!”。这是他对儒学尖锐的批评。
国民党统治时期的尊孔
经过“五四”新文化运动的冲刷，孔子和儒学已大大贬值，可是到了国民党统治时期，政府又开始提倡儒学了，1934年蒋介石发表《新生活运动要义》的演讲，提倡尊孔读经，要人们以“四维”、“八德”作为道德准则，重修文庙，以孔子诞辰为“国定纪念日”。
